header右上のトップ階層表示は、#headerNav（デフォテーマ）

プレーンヨーグルトのヘッダー右上に表示されている、トップ階層ページの表示は、
#page #header #headerNav
で指定されていました。

position:absoluteだったので、
#page #header{ position:relative; }
がrelative指定されていて、それに対しての配置ということで。